1233. április 20-án IX. Gergely pápa bullát adott ki az egyházi törvényszék létrehozásról. Ezzel hivatalos keretek közé helyezte az inkvizíciót, ami a legitimitás álarca mögé bújva emberek ezreit vonta felelősségre. Eredetileg az eretneki téves tanokat vallók kiszűrését szolgálta, később azonban a személyes ügyek lebonyolítására is kiváló színhelyül szolgált.


A középkori inkvizíció teológiai alapmondatává vált Aquinói Szent Tamás eme mondata: „A hit elfogadása önkéntes, de az elfogadott hit megtartása már szükséges”. Ennek jegyében IX. Gergely pápa intézményes harcot indított az eretnekek ellen. 1233. április 20-án a pápa bullájában határozott az egyházi törvényszék létrehozásról. Ezzel hivatalos keretek közé helyezte az inkvizíciót, ami a legitimitás álarca mögé bújva emberek ezreit vonta felelősségre.

IX. Gergely a vizsgálat jogát kivonta a püspökök és az érsekek hatásköréből, és ezzel egyedül csak a dominikánus szerzeteseket bízta meg. A bizonyítási eljárás után az eretnekeket átadták a felettük ítélkező hatalomnak. II. Frigyes császár például a Német-római Császárságban az eretnekeket máglyahalálra ítélte.

IV. Ince pápa 1252-es rendelkezése óta a vizsgálatok szerves részét képezte a kínzás, melynek segítségével a vádlottakat beismerő vallomásra bírták. Az inkvizíció földrajzilag Nyugat-, Közép- és Dél-Európa térségére korlátozódott. Angliában ritka jelenség volt, míg Skandináviában egyáltalán nem éltek ezzel a lehetőséggel.

Talán a legkegyetlenebb inkvizíció Spanyolországban, a bigott katolicizmus fellegvárában működött, azért hogy a zsidókat és a moriszkókat kisöpörjék az országból. A bűnösöket általában egy titkos börtönben tartották. Ha a bűnös tagadta vétkét, akkor addig kínozták, míg beismerő vallomást nem tett. Ha valaki a szigorú felügyelet ellenére sikeres öngyilkosságot vitt véghez a cellájában, akkor egyértelművé vált, hogy megátalkodott bűnösről volt szó.